【Rで時系列解析】心拍変動データを読み込み - ケィオスの時系列解析メモランダム

今回は実際の時系列データを読み込んでグラフを描いでみます．

　濃厚接触者として自宅待機中（現在）の私の心拍変動 (RRI間隔)時系列をサンプルとして使ってください．以下のリンクからダウンロードできます．
https://drive.google.com/file/d/1i0VIooI1-IKAUI9fHi0pEwS9AF6AsHYk/view?usp=sharing
（私は，コロナ関連の研究もしているので，自分が感染する前後の心拍変動の変化を記録しようと，ずっと心拍変動を計測しています．しかし，PCR陰性でしたので，今回は感染しない可能性が高いです．）

基本事項の確認

　上のリンクにあるファイルをダウンロードし，自分のパソコンに保存してください．そして，このファイルを保存したフォルダのパスを確認してください (下図)．

Windowsでのアドレスバーの位置．アドレスバーの部分をクリックすればパスが表示されます．これをコピーしてください．

ここでは，フォルダのパス（仮）を

"C:\Users\chaos\Documents\時系列解析"

読み込むファイル名 (上のリンクからダウンロードしたファイル)を

"chaosRRI.csv"

と仮定して話を進めます．フォルダのパスは仮ですので，各自の環境に合わせて変える必要があります．そのままでは，絶対に動きません．

ファイルを読み込んで，とりあえずグラフ

　ファイルを読み込んで，グラフを描いてみます．以下のRスクリプトを実行すると，下の図が描かれます．

使ったRスクリプトは以下のものです．注意点は，

 setwd("C:\Users\chaos\Documents\時系列解析")

の"C:\Users\chaos\Documents\時系列解析"の部分を，自分の環境に合わせて書き換えることです．フォルダの区切り文字「\」を，「/」にかえる必要あります．

# "chaosRRI.csv"を保存したフォルダのパスを指定　【重要】 「\」を「/」にかえること
setwd("C:\Users\chaos\Documents\時系列解析")
# ファイルの読み込み．FNにファイル名を代入
FN <-　"chaosRRI.csv"
TMP <- read.csv(FN,header=TRUE)
# 時刻データの処理
time <- as.POSIXct(TMP$time,tz="Japan")
# RRIデータの処理 (as.numericはなくても大丈夫)
RRI <- as.numeric(TMP$RRI)
# グラフの描画
plot(time,RRI,"l",col=4,xlab="time",ylab="RR interval [ms]",xaxs="i")

使用するコマンドについて，今後，すこしずつ説明していきます．