ケィオスの時系列解析メモランダム

時系列解析,生体情報学,数学・物理などの解説です.

R言語

【Rで時系列解析】1次自己回帰過程のパワースペクトル

今日のセミナーの課題は,以下です. 問題1 1次自己回帰過程の時系列サンプルを生成せよ. ここで,は,の定数,は,平均0,分散の白色ノイズである. ,とせよ. 問題2 1次自己回帰過程のパワースペクトルを推定せよ.100個の時系列サンプルのパワースペク…

【R言語】ファイル名とパスの操作

Rでファイル名を操作するとき,入力するファイル名から拡張子を除いて,拡張子や名前を少し変えたファイル名を作りたいことがあります.例えば,"???.txt"(???には何か文字が入る)から".txt"を除いて,代わりに"_result.csv"をくっ付けて"???_result.csv"…

【時系列解析】フーリエ変換を使った時系列の分解

時系列解析で,弱定常とか,ガウス過程とかを前提とする場合は,パワースペクトルがとにかく基本.それを理解せずに,なんとなく数式をこねくり回したり,名前が格好いい解析法を中身を理解せずに使ったりしても,なんか学問として浅い感じがします.といっ…

【時系列のフラクタル解析】DMCAの実際(最適ラグの推定)

今回は,Detrending Moving-Average Cross-Correlation Analysis (DMCA)でラグを推定します.ここでは,DMCAのC言語プログラムをコンパイルしたもの(各自コンパイルしてください),windowsのコマンドプロンプト,Rを使います.下記の論文"Generalized theo…

【Rでフラクタル解析】長時間相互相関時系列の生成(ラグ指定あり)

下記の論文"Generalized theory for detrending moving-average cross-correlation analysis: A practical guide"の解説シリーズです. doi.orgまずは,detrending moving-average cross-correlation analysis (DMCA)で,何をやっているの?ということを少し…

【Rで時系列解析】純音とパワースペクトル

教科書的には,時系列解析の基本はパワースペクトルです.とはいってもこれは,ガウス過程(正規分布に従う過程)中心主義,そして,自己相関関数中心主義の立場では,パワースペクトルが世界のリーダーだよね,ということです(中心主義とかは私が勝手に権…

【Rで時系列解析】白色ノイズと桃色ノイズを音で体験

時系列解析では,ホワイトノイズとか,ピンクノイズ,レッドノイズとか登場します.私は,ホワイトノイズ以外の呼び方は,ほとんど使いません(色じゃないし).これらの色の名前がついたノイズは,それらの時系列のパワースペクトルの形状と色のスペクトル…

【Rで時系列解析】長時間相関時系列の生成

時系列の長時間相関解析とか,フラクタル解析とか,そう呼ばれる解析を試してみるためには,時系列のサンプルが必要です.そのために,Rを使って,時系列を生成する方法を紹介します.ここでは,longmemoパッケージを使います.パッケージをインストールして…