ケィオスの時系列解析メモランダム

時系列解析,生体情報学,数学・物理などの解説です.

2024-01-01から1年間の記事一覧

多重比較の問題を考える前に,p値の分布を見ておく

検定を繰り返し何度もやると,「p値の調整をしろ」と言われます.これは多重比較の問題と呼ばれるもので,何度も検定を繰り返すと,p値が小さいものが観測されやすくなります. この多重比較の問題を理解するためには, * p値は絶対的な正しさの目安にはなれ…

ROC解析について説明してみる

ROC解析の説明では,分割表を使った説明が多くあります.インターネットで検索したり,ChatGPTなどに質問すれば,わかりやすい説明が出てきます.しかし,ここでは分割表は使わずに,検査スコアのばらつきを見ながら,ROC曲線の説明をしてみます. 陽性と陰…

ROC解析の説明用動画(その2)

今回は,データからROC曲線を求める場合の説明動画です. 下の図 (gifアニメ)の上段では,カットオフの位置を変えたときの TN:真陰性(True negative) FP:偽陽性(False positive) FN:偽陰性(False negative) TP:真陽性(True positive) の例数,お…

ROC解析の説明用動画(その1)

学生が発表用スライドでROC解析を説明していたので,ROC解析の説明用の動画を作りました.ここに置いてあるものは解像度が低いですが,自由に使ってください.以下の記事も参考にしてください. chaos-kiyono.hatenablog.com ROC解析とは インターネット上に…

【画像解析の基礎】平面波の2次元パワースペクトル

画像のような2次元データの信号解析についても,基礎の理解していきたいと思います.ということで今回は,平面波の2次元パワースペクトルの計算結果の見方について説明します. 2次元パワースペクトル 2次元フーリエ変換とパワースペクトルの定義につい…

【時系列解析の基礎】自己回帰過程の自己共分散母関数を使ってみる

自己回帰過程 (autoregressive process) AR() の自己共分散母関数を使って,自己共分散とパワースペクトルを計算してみます.ここで, は,平均0,分散 の白色ノイズです. は整数の値をとります. 今回は,公式的に結果を書いていくだけにします. 自己共分…

【時系列解析の基礎】移動平均過程の自己共分散母関数を使ってみる

移動平均過程 MA() の自己共分散母関数を使って,自己共分散とパワースペクトルを計算してみます.ここで, は,平均0,分散 の白色ノイズです. は整数の値をとります. 今回は,公式的に結果を書いていくだけにします. 自己共分散母関数 ラグオペレータ (…

【時系列解析の基礎】自己共分散母関数 Autocovariance-Generating Function

時系列解析の教科書として有名なHamiltonの本 "Time series analysis (Princeton university press)"の3.6節に登場する「自己共分散母関数 (Autocovariance-Generating Function)」についての補足説明です.自己共分散母関数は,母関数と名前がついているか…

【Rでデータ解析】複数フォルダに含まれる,目的のファイルへのパスを抽出する

最近は,生体時系列の解析ニーズが高まっていると感じます.Fitbitで計測されたデータの分析を頼まれることも多いです. 今回は,個人ごとにフォルダが分けられているような場合に,分析したい目的のファイルへのパスを抽出する方法を紹介します. 分析に使…

【Rで時系列解析】長時間相互相関解析 detrending moving-average cross-correlation analysis (DMCA)

時系列解析で,長時間相関といえば長時間自己相関を意味することがほとんどです.つまり,1本の時系列の性質を考えています. 長時間自己相関 (左から,1本の時系列,散布図,パワースペクトル) ここでは,1本ではなく,2本の時系列が共通に持つ特性とし…

【Rで時系列解析】Detrending Moving Average (DMA) Algorithm

今回は,長時間相関,長期記憶,フラクタル性などを示す時系列のスケーリング解析をやってみようというお話です. chaos-kiyono.hatenablog.com 以下では,Detrending Moving Average Algorithm,略して,DMAと呼ばれる方法を紹介します.この業界では,Detr…

【時系列解析の基礎】デジタルフィルタ特性を時間領域と周波数領域で調べる

ハイパス,ローパス,バンドパスなどのデジタルフィルタで,時系列を処理するとき,使うフィルタの周波数特性を理解して使う必要があります. では,フィルタの周波数特性はどうやって調べれば良いのでしょうか.デジタルフィルタが線形差分方程式で記述でき…